Si actualizais a hoary no hagais servir rcconf porque no maneja bien los links no sé porqué (no he investigado, ahora no tengo tiempo). En su lugar podeis hacer servir el update-rc.d de toda la vida:
Para quitar un servicio del arranque (por ejemplo apache2):
update-rc.d -f apache2 remove
Para añadirlo:
update-rc.d apache2 defaults