Ahora el hotplug de Gentoo se ha dividido en 2 paquetes, el hotplug (para cargar módulos una vez ha arrancado el ordenador) y coldplug (para que los arranque al inicio). Además de eso ha cambiado alguna localización/nombre de sus directorios y ficheros de configuración.
Pasos para migrar de uno a otro:

emerge --sync
emerge hotplug coldplug
rc-update add coldplug boot

Borramos el archivo (si es que lo tenemos) isapnp.rc porque esta obsoleto y pasamos nuestro firmware (si tenemos alguno) a la nueva carpeta:

rm -f /etc/hotplug/isapnp.rc
mkdir /lib/firmware
mv /usr/lib/hotplug/firmware/* /lib/firmware/.

Por último actualizamos la configuración:

etc-update

Toda la configuración en /etc/hotplug puede ser sobreescrita con la nueva sin problemas (a no ser que vosotros mismos hayais modificado algo).

Editado: Artículo en gpltarragona.